Éducation & Emploi

Arrêt maladie du stagiaire : justifier l’absence ne garantit pas le maintien de la gratification

25 octobre 2026 Élodie Saint-Jalmes 9 min de lecture

Un stagiaire malade peut interrompre son stage sur justification médicale. Il doit prévenir rapidement l’organisme d’accueil et son établissement d’enseignement. En revanche, l’absence justifiée ne garantit ni le maintien de la gratification ni le versement d’indemnités journalières : ces deux questions obéissent à des règles différentes. La convention de stage et votre situation auprès de l’Assurance maladie sont donc à examiner séparément.

Table des matières

Prévenir et transmettre les bons documents dès le début de l’arrêt

Le stagiaire sous convention n’est pas un salarié, mais cela ne l’oblige pas à poursuivre ses missions lorsqu’un médecin prescrit un arrêt. Prévenez votre tuteur dans l’organisme d’accueil, puis votre référent pédagogique ou le service des stages, dès que possible. Indiquez les dates d’absence prévues, sans communiquer votre diagnostic.

Certificat médical ou avis d’arrêt de travail ?

Un certificat médical peut justifier une absence auprès de l’établissement selon ses procédures. Il ne remplace toutefois pas nécessairement l’avis d’arrêt de travail requis pour demander des indemnités journalières. Expliquez au médecin que vous êtes stagiaire et précisez si vous exercez aussi une activité salariée : cela permet d’établir les documents adaptés.

Lorsque le médecin télétransmet l’arrêt, les informations destinées à l’Assurance maladie lui parviennent directement. Sinon, les volets destinés à la CPAM doivent normalement être adressés dans les 48 heures. Transmettez à l’organisme d’accueil le volet qui lui est destiné, sans les informations médicales confidentielles, et demandez à l’établissement quel justificatif il attend.

Préparer le dossier sans multiplier les envois inutiles

Pour examiner une demande d’indemnisation, la CPAM peut réclamer plusieurs pièces. La liste dépend de votre situation et des documents déjà enregistrés :

l’avis d’arrêt de travail, s’il n’a pas été télétransmis ;
la convention de stage et ses éventuels avenants ;
les justificatifs de gratification ou d’activité salariée ;
un RIB et, si nécessaire, une pièce d’identité.

Conservez une copie des documents et des preuves d’envoi. Une prolongation de l’arrêt doit également être signalée et transmise : le premier justificatif ne couvre pas les jours supplémentaires.

Soins et indemnités journalières : deux protections à distinguer

Le remboursement des frais de santé reste assuré selon les règles habituelles de votre régime, même si votre stage n’est pas gratifié. Les indemnités journalières, qui compensent une perte de revenus, ne sont en revanche pas automatiques.

Pour 2026, la gratification minimale correspond à 15 % du plafond horaire de la Sécurité sociale. Avec un plafond horaire de 30 €, cela représente 4,50 € par heure. Ce repère évolue : vérifiez toujours la valeur applicable à la période du stage auprès de l’Assurance maladie.

Situation du stagiaire	Remboursement des soins	Indemnités journalières maladie
Aucune gratification	Oui, selon les règles habituelles	Pas de droit ouvert par le stage seul ; d’autres droits peuvent exister
Gratification inférieure au seuil applicable	Oui, selon les règles habituelles	Pas de droit ouvert par cette gratification seule
Gratification au seuil ou supérieure	Oui, selon les règles habituelles	Examen des droits nécessaire ; le montant ne garantit pas une indemnisation

Pourquoi le seuil ne suffit pas

Le seuil de gratification n’est pas un déclencheur automatique de paiement. La franchise de cotisations et les conditions d’ouverture des droits doivent aussi être prises en compte. Une gratification exactement égale au minimum ne doit donc pas être assimilée à un salaire ouvrant automatiquement droit aux indemnités.

Pour un arrêt de moins de six mois, les conditions générales comprennent notamment au moins 150 heures de travail salarié ou assimilé au cours des trois mois précédents, ou des cotisations sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire pendant les six mois précédents. Les heures de stage ne doivent pas être considérées d’office comme des heures salariées pour ce calcul.

Si vous avez un emploi étudiant ou des droits issus d’une activité antérieure, signalez-le à la CPAM. Elle déterminera votre éligibilité, la base de calcul et l’éventuelle carence. Un alternant titulaire d’un contrat de travail relève, lui, des règles applicables aux salariés.

Gratification pendant l’absence : vérifier ce que prévoit la convention

La gratification de stage n’est pas un salaire. Elle est généralement liée à la présence effective : les heures non effectuées pendant l’arrêt peuvent donc réduire le montant versé, sauf disposition plus favorable de la convention ou de l’organisme d’accueil.

Demandez au service chargé des paiements comment l’absence sera traitée. Lorsque la gratification est lissée sur plusieurs mois, le versement mensuel peut ne pas refléter immédiatement les heures réellement accomplies ; une régularisation peut intervenir. Le maintien volontaire de la gratification doit également être signalé à la CPAM si elle étudie une indemnisation.

La gratification est obligatoire lorsque le stage dépasse deux mois, consécutifs ou non, pendant la même année scolaire ou universitaire dans le même organisme. Les équivalences usuelles sont de sept heures pour une journée et de 22 jours pour un mois, soit 44 jours pour deux mois ; pour une présence discontinue, l’obligation intervient à partir de la 309e heure.

En pratique, demandez une réponse écrite sur trois points : les heures retenues, la règle de maintien éventuel et la date de régularisation. Cela évite de confondre une baisse liée à l’absence avec une erreur de paiement.

Préserver la validation du stage sans imposer un rattrapage automatique

L’arrêt interrompt l’exécution des missions pendant la période prescrite, mais ne repousse pas automatiquement la date de fin de la convention. Prévenez rapidement l’établissement si l’absence risque d’empêcher l’acquisition des compétences ou la réalisation du travail demandé.

En cas d’interruption pour maladie, l’établissement peut valider le stage malgré une durée incomplète ou proposer une autre modalité de validation. Une prolongation peut aussi être organisée avec l’accord des parties et formalisée par un avenant. Elle doit respecter le calendrier pédagogique et la durée maximale applicable, généralement six mois par année d’enseignement dans un même organisme.

Un stage se construit par couches : observations, essais, corrections, puis autonomie. Cette patine de l’apprentissage ne disparaît pas avec quelques jours d’absence. Avant de décider d’un rattrapage, rassemblez les traces des compétences déjà acquises : livrables, retours du tuteur, tâches réalisées seul. Ce bilan aide l’établissement à distinguer un manque de présence d’un objectif pédagogique réellement non atteint.

Si l’arrêt dépasse la fin prévue du stage, ne reprenez pas ensuite sans cadre conventionnel. Demandez une décision écrite sur la validation, le report ou la prolongation. En cas de pression pour travailler pendant l’arrêt, sollicitez le référent pédagogique et conservez les échanges.

Accident du travail ou maladie professionnelle : suivre une procédure distincte

Un accident survenu pendant les missions, ou sur le trajet sous certaines conditions, ne doit pas être traité comme une simple maladie. Les stagiaires bénéficient d’une couverture accidents du travail et maladies professionnelles, indépendamment du montant de leur gratification et sans les conditions habituelles d’ouverture des droits maladie.

Informez l’organisme d’accueil rapidement, en principe dans les 24 heures pour un accident, et avertissez l’établissement. Précisez au médecin les circonstances pour qu’il établisse le certificat adapté. La déclaration d’accident relève ensuite du responsable compétent, normalement dans les 48 heures ; la répartition des démarches doit être vérifiée avec l’organisme et l’établissement.

Demandez confirmation de la déclaration et de la remise de la feuille d’accident du travail. Pour une maladie suspectée d’être professionnelle, contactez la CPAM afin de connaître la procédure de reconnaissance. Dans les deux cas, la qualification doit être examinée : elle ne résulte pas du seul fait d’être tombé malade pendant un stage.